Manson wurde im April 1971 in eine Todeszelle in San Quentin gebracht. Am 18. Februar 1972 erklärte der Oberste Gerichtshof von Kalifornien die Todesstrafe für verfassungswidrig. Alle Todesurteile wurden daraufhin in lebenslange Haftstrafen umgewandelt. Im Oktober 1972 wurde Manson in das Folsom State Prison überstellt. 1973 wurde dort mit Strychnin ein Giftanschlag auf ihn verübt, den er überlebte. Im Mai 1976 wurde er in das größte US-amerikanische Gefängniskrankenhaus California State Medical Corrections Facility in Vacaville verlegt. Im Juli 1985 wurde Manson wieder nach San Quentin gebracht, ab März 1989 saß er im California State Prison Corcoran ein. Am 11. April 2012 wurde sein zwölftes Bewährungsgesuch abgelehnt. Charles Manson starb am 19. November 2017 im Alter von 83 Jahren in einem Krankenhaus in Bakersfield an den Folgen von Darmkrebs.